主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生长习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、石斛
石斛，又名仙斛兰韵、不死草、紫萦仙株、吊兰等，属天门冬目、兰科、石斛属、石斛种。
2、铁皮石斛
铁皮石斛，又名黑节草、云南铁皮、铁皮斗，属微子目、兰科、石斛属、铁皮石斛种。
二、形态特征不同
1、石斛
茎直立，肉质状肥厚，稍扁的圆柱形，上部多少回折状弯曲，基部明显收狭，不分枝，具多节，节有时稍肿大；节间多少呈倒圆锥形。叶革质，长圆形，先端钝并且不等侧2裂，基部具抱茎的鞘。总状花序从具叶或落了叶的老茎中部以上部分发出，具1~4朵花；花梗和子房淡紫色，花大，白色带淡紫色先端，有时全体淡紫红色或除唇盘上具1个紫红色斑块外，其余均为白色，花期4~5月。
2、铁皮石斛
茎直立，圆柱形，不分枝，具多节，常在中部以上互生3-5枚叶；叶二列，纸质，长圆状披针形，长先端钝并且多少钩转，基部下延为抱茎的鞘，边缘和中肋常带淡紫色；叶鞘常具紫斑，老时其上缘与茎松离而张开，并且与节留下1个环状铁青的间隙。总状花序常从落了叶的老茎上部发出，具2-3朵花；萼片和花瓣黄绿色，近相似，长圆状披针形，蕊柱足黄绿色带紫红色条纹，疏生毛；药帽白色，花期3-6月。
三、生长习性不同
1、石斛
石斛喜在温暖、潮湿、半阴半阳的环境中生长，以年降雨量1000毫米以上、空气湿度大于80%、 1月平均气温高于8℃的亚热带深山老林中生长为佳，对土肥要求不甚严格，野生多在疏松且厚的树皮或树干上生长，有的也生长于石缝中。
2、铁皮石斛
铁皮石斛适宜在凉爽、湿润、空气畅通的环境生长。 生于海拔达1600米的山地半阴湿的岩石上，喜温暖湿润气候和半阴半阳的环境，不耐寒。
