主要区别是，性质不同、主要成分不同、特点不同、主要用途不同，具体如下：
一、性质不同
1、黑曜石
黑曜石是一种常见的黑色宝石，又称“龙晶、“十胜石，是一种自然形成的二氧化硅，通常呈黑色。
2、砭石
砭石一般指微晶灰岩，是由<0.03mm的微晶方解石和<0.004mm 的泥晶方解石组成的岩石。这类岩石是在水动力很弱或静水环境下的产物，其形成条件与粘土岩相似。
二、主要成分不同
1、黑曜石
黑曜石是从火山熔岩流出来的岩浆突然冷却后形成的天然琉璃，属于非晶质的宝石，其主要成分为二氧化硅（SiO2）。
在生成过程中，由于熔岩流外围的温度迅速下降，冷却的速度最快，所以含二氧化硅的岩浆很快就凝结成块，黑曜石通常都是在熔岩流外围或者是火山脚下靠近海边的地方出现。正因为它独特的形成过程，黑曜石的晶体内也含有1%-2%的水份。
2、砭石
微晶灰岩是在没有持续水流的平静环境中由灰泥沉积而成的一种碳酸盐类岩石，主要由<4μm的微晶方解石组成。在近岸潮坪带形成的微晶灰岩，常常伴有鸟眼、干裂等构造。当有陆源粘土物质沉积时易形成瘤状微晶灰岩和干裂破碎的微晶砾屑灰岩。远洋的深海微晶灰岩，矿物成分以低镁方解石为主。
三、特点不同
1、黑曜石
黑曜石因具备玻璃的特性，敲碎后断面呈贝壳断状口，十分锋利。此外黑曜石以1000℃以上温度加热后，由于内部所含水分散失，烧却后会变成白色颗粒状，质地疏松多孔。
2、砭石
由于其成分为方解石，韧性较低。易与酸发生化学反应。
四、主要用途不同
1、黑曜石
黑曜石可加工成工艺品。制作外科手术用解剖刀的刀片。
2、砭石
微晶灰岩多被用作制作珠宝玉石及保健品用途。
参考资料来源：百度百科-黑曜石
参考资料来源：百度百科-砭石
