渗透结晶防水涂料的工作原理主要涉及结晶体的形成和渗透机理。首先，结晶体的形成依赖于活性物质的分子结构，它在潮湿环境中通过缩聚反应形成不溶于水的结晶体。活性质粉末在碱性环境下稳定，PH值大于12时不会发生缩聚。结晶体的形成速度和条件决定了防水材料的性能，结晶快的材料起效快但固化后结晶活性物质被封闭，而结晶慢的材料则需要更长时间养护，但性能更强。
渗透机理的关键在于利用混凝土毛细管压力和水的带入。活性材料通过聚合反应，形成惰性大分子，堵塞渗水通道。为了增强渗透性，施工前需对基层充分润湿，以使活性小分子能深入基层。结晶深度与基层含水量和活性质溶液停留时间有关，但活性物质渗入深层并不能直接提升抗渗压力，主要作用于混凝土表层的缺陷和空隙填充。
