屋面膜保护层施工需依据设计要求，施工前必须进行蓄水试验。选择防水涂料时，应考虑生产厂家的品质与信誉。
防水卷材保护层方法多样，如使用细砂、云母粉或蛭石粉形成保护层，这类保护层适用于非主材屋面的卷材防水屋面。施工时，粉料应过筛，使用天然砂，将细砂（或云母粉、蛭石粉）涂于表面，再用软橡胶辊施加液压，确保保护层牢固粘附。
预制板保护层通过砂或水泥砂浆铺设。预制板需水平、垂直铺设以满足排水要求，铺砂时应压实、抹平。板缝宽度约10mm，铺好后浇水拍牢，板缝先灌砂至半高，再灌1:2水泥砂浆勾缝成凹缝。保护层周围500mm内可用低标号水泥砂浆作为粘结层。
采用水泥砂浆作粘结层时，需在防水层上先做隔离层。预制板使用前应浸泡水中阴干，板材挤出应密实、平整、结合牢固。预留缝（10mm）应用1:2水泥砂浆勾成凹缝，再铺设隔离层，如沙垫、干油毡、纸胎毡等。
防水层完成后的保护措施，需通过其他操作规程避免损坏。垂直墙面涂料防水层完成后，应立即铺设防护材料。地下工程使用聚乙烯泡沫塑料板作为保护层时，应在最后一层涂料固化前直接粘贴。平面部分涂装面可干铺一层纸胎毡作为防护隔离层，再浇筑400mm厚细石混凝土作为刚性防护层。
卫生间地面及竖墙保护层方法为在涂膜表面再涂一层，并立即撒上少量干净干燥的砂子，使砂子与涂膜防水层粘结牢固，再铺设水泥砂浆保护层。屋面防水层保护时，可在涂膜表面铺设纸胎油毡或麻纤维灰隔离层，然后浇筑细石混凝土刚性保护层。若需进行闭水试验，则应在试验后铺设保护层。
闭水试验对于屋面和厕浴间是必要的。在涂膜防水层固化36小时后进行闭水试验，灌水高度与灌水时间应符合国家相关标准。如有渗漏，应立即修复，再进行闭水试验。
