农村合作医疗的报销比例因地区而异，报销方式主要有两种：一是医疗机构直接报销结算二是患者携带相关资料到当地农村合作医疗社办理报销手续。
以长沙为例，门诊报销比例为：在村卫生室报销70%，个人自付30%在乡镇卫生院或社区卫生服务中心报销60%，个人自付40%在院校医院或医务室报销70%，参保大中专学生、以学校为单位整体参保的普通学生个人自付30%。一个结算年度内最高支付限额为800元。
住院医疗费用报销比例为：在乡镇卫生院、社区卫生服务机构，起付线为200元，报销85%在三类收费标准医疗机构，起付线为300元，报销70%在二类收费标准医疗机构，起付线为500元，报销65%在市级一类收费标准医疗机构，起付线为1100元，报销60%。一个结算年度内，累计最高限额为15万。
生育报销比例为：平产最高补助1300元剖宫产最高补助1600元孕产妇因为高危重症救治所发生的医保范围内住院医疗费用，可按照疾病住院标准进行报销。
大病医疗报销比例为：普通群众起付标准为22324元，0至3万部分报销60%，3万至8万部分报销65%，8万至15万部分报销75%，15万以上部分报销85%，年度限额为40万。困难群众起付标准为11165元，0至3万部分报销65%，3万至8万部分报销70%，8万至15万部分报销80%，15万以上部分报销90%，无限额。
