黑芝麻染色一般有两个原因，一是经“打扮后的芝麻，看上去又黑又亮卖相好，能吸引消费者二是方便将原先价格稍低、质量稍次的白芝麻蒙混其中，变相抬高售价。
一般情况下，真正天然的黑芝麻呈深灰色，不会黑得发亮，清水浸泡也不会掉色，更不会过滤出“墨水。不过，陈年黑芝麻被水浸泡过一段时间后，水的颜色会变成紫色或者偏黑色，这属于天然色素，但不会洗出像墨汁一样的水，也不会出现洗了多次仍严重掉色的情况。
此外，黑芝麻的胚芽有一点针尖大小的白色(或黄色)，这是鉴别的关键。如果是染色的黑芝麻，绝对没有这一点可以用指甲掐开一粒黑芝麻，真的黑芝麻，截面是白色的。真的黑芝麻不会掉色，也不会用手抓一把就把手染黑，也不可能浸泡后变成白芝麻。真正黑芝麻浸泡到水里，绝不会呈现黑色，最多是茶色。
“染色的芝麻（右）和未染色的芝麻（左）经水泡后。（资料片）
