黄连上清丸处方为：黄连10g，栀子（姜制）80g，连翘80g，蔓荆子（炒）80g，防风40g，荆芥穗80g，白芷80g，黄芩80g，菊花150g，薄荷40g，大黄（酒炙）320g，黄柏（酒炒）40g，桔梗80g，川穹40g，石膏40g，旋覆花20g，甘草40g。
2005《中国药典》黄连上清丸含量测定项下：
色谱条件与系统适用性试验：以十八烷基硅烷键合硅胶为填充剂以乙腈-0.003mol/l磷酸二氢钾溶液（35：65）为流动相检测波长为424nm。理论板数按盐酸小檗碱峰计算应不低于4000。
供试品溶液的制备：取本品水丸或水蜜丸，研碎，取0.6g，精密称定或取重量差异项下的大蜜丸，剪碎，取1g，精密称定，置具塞锥形瓶中，精密加入盐酸 -甲醇（1：100）混合溶液10ml，密塞，称定重量，置50℃水浴中加热15分钟，取出，放冷，超声处理（功率250w，频率33khz）30分钟，放冷，再称定重量，用甲醇补足减失的重量，摇匀，离心，滤过，精密量取上清液2ml，低温挥干，残渣用甲醇适量使溶解并转移至碱性氧化铝柱色谱（100～200目，8g，内径1cm，干法装柱）上，用甲醇35ml洗脱，收集洗脱液，蒸干，残渣加甲醇适量使溶解并转移至2ml量瓶中，加甲醇至刻度，摇匀，滤过，取续滤液，即得。
以栀子甙、黄芩甙等为指标的：
李丽等用hplc法测定黄连上清丸中栀子甙的含量。仪器：岛津lc-6a高效液相色谱仪色谱柱为spherisorb c18 柱(4.6×300mm,5μm)流动相：甲醇-乙腈-0.1 %磷酸水溶液(25：5：70)，流速0.5ml/min,纸速1mm/min，柱温30°c，检测波长240nm。样品用水超声处理后，用大孔树脂纯化。
曹玮等hplc法测定中药黄连上清丸中黄芩甙含量。流动相：甲醇-0.05m醋酸铵(40：60) ph =3shimpack-clc-dds 柱(150mm×6mm)检测波长275nm流速1ml/min。样品用45%甲醇超声处理。
姚仲青用hplc法同时测定黄连上清丸中大黄素、大黄酚、大黄素甲醚的含量。仪器：岛津lc-6a高效液相色谱仪色谱柱spherisorb c18柱(4.6mm ×300mm)。流动相：乙腈-0.1%磷酸水溶液(90：10)，流速0.6ml/min，检测波长254nm，柱温 45℃。样品用氯仿浸提。
姜红等rp-hplc法测定黄连上清丸中黄芩苷的含量。仪器：sp-1000高效液相色谱仪。色谱柱：ods (4.6mm×200mm)流动相：甲醇-水-冰醋酸(40：60：1)流速1.0ml/min柱温30℃。样品用50%甲醇超声处理。
