太阳能水泵的工作原理主要基于无刷直流磁力驱动泵的设计。这种泵的转子由磁铁和叶轮注塑而成，形成电机的一部分，其中包含一个直接注塑的轴套，通过高性能陶瓷轴固定在泵体内部。电机的定子和电路板部分被环氧树脂胶封在泵体内，形成一个无机械轴封的完全密封结构。
电机的工作原理是通过矽钢片（定子）上的线圈通电产生磁场，这个磁场驱动永磁磁铁（转子）转动。磁体被分n级（n为偶数）充磁，形成一个耦合的磁力系统。磁极之间的位移角影响磁系统的磁能：当异极相对时磁能最低，同极相对时磁能最大。磁极排斥力驱动磁体恢复到磁能最低状态，从而驱动磁转子旋转。
无刷直流磁力驱动泵的一个关键创新是电子换向，避免了碳刷的使用。转子和定子的磁场多级配置使得转子在旋转过程中自动调整磁极方向，保持同极排斥，这使得泵具有高转速和效率。
磁力隔离泵的一大优点是定子与转子之间的完全隔离，彻底解决了传统无刷直流水泵的液体泄漏问题。由于这种设计，这种泵非常适合潜水使用，且具有出色的防水性能，显著提升了泵的使用寿命和性能。
