当系统遭遇故障时，可以采取试探性的方式进行修复。首先，尝试一次更改一个参数，如若色谱峰出现问题，可以逐个调整流动相、更换保护柱或分析柱，看看是否能解决问题。这种一次性的改变有助于逐步定位问题。
在有明确故障原因或解决方案的情况下，可以遵循二次比较规则。例如，进样过程中发现内标物峰值降低，可重复进样确认是否为偶然，可能是定量管内有气泡。在更换部件后，可以进行标准品进样测试，如保留时间和色谱峰的稳定性，以确保系统稳定。
对于疑似故障部件，可以采用取代规则，直接替换为性能优良的部件，如怀疑检测器，就替换一个无转子硫化仪。如果更换后问题解决，那问题就出在被替换的部件上。这个规则的规模可以从小到大，包括替换整个部件到单个集成块。
然而，当更换好的部件并未改善问题时，可以使用换回规则，将原部件恢复，以减少维修成本并避免旧部件积压。但此规则仅适用于单一故障，不适用于新部件损坏、价格低廉、更换有风险或定期更换的部件情况。
在诊断过程中，参考条件规则非常重要。标准参考条件和试验参考条件是对比分析的基石。例如，如果在试验条件下系统压力异常，而在标准条件下正常，说明问题可能源于实验室环境的变化。启用新色谱柱时，标准试验条件可作为检查系统状态的参照。
