花的颜色的形成是受很多因子共同作用的结果，但花瓣细胞中的色素是花色形成的根本原因。
花瓣表皮细胞的液泡中的色素们，含量的高低配比控制着花儿们赤橙黄绿青蓝紫的多彩变幻。使君子的小花刚开时是白色的，随着时间变化变成了红色。牵牛花早上的时候还是红扑扑的，到了下午就变成了忧郁的蓝色。
决定花朵颜色的主要色素有花色素、类胡萝卜素、类黄酮、醌类色素及甜菜色素。花色素也称花青素，一般来讲，红蓝紫色的花中必定含有花青素，花青素会随着细胞液的酸碱度改变花朵的颜色。酸性呈现红色，酸性越强，红色越深；中性呈现紫色；碱性时呈蓝色，碱性越强，蓝色越深。
表现出黄色或橙红色的色素就是类胡萝卜素，又可以细分为叶黄素和胡萝卜素。白花则是因为细胞液中不含有色素。一方面，花瓣中每种色素的绝对含量都会影响花色。另一方面，不同结构的花色素会产生共色作用导致花色素有不同的颜色表达，也就是说花瓣中花色素所呈现出的颜色还会受其它色素相对含量的变化而发生改变。
此外，环境因素也会对花色产生影响，譬如光照、土壤养分含量、温度、湿度等都会影响花瓣细胞中的pH值、花青素稳定性等，从而使花瓣呈现出不同的颜色。
