太阳能热水器中有两套管线。
第一套是日常用水的自来水热水管线：室温自来水进入，与第二套管线交缠换热后，输出至热水管线，作为热水来源使用。
第二套是太阳能集热板管线：其中的液体在集热板处吸收太阳热，进入热水器中与第一套管线交缠换热后，循环回集热板。
由于第二套管线大部份处于室外，所以担心当某些地方的温度达摄氏零度以下，水会结冰爆裂水管，故使用防冻液来替代水，从而避免前述情况发生。
注：所谓管线换热，并不是一次就能换完热，而是一种持续吸热及换热的过程，日晒越久效果会加成。此外热水器的保温效果也是需要重视的。
