随着香薰机的长期使用，精油会逐渐残留在机器内部，特别是在湿润环境下，这些残留物会氧化变稠，尤其对于柑橘类和树脂类精油更为明显。这些氧化物不仅不再具备杀菌功能，反而可能成为细菌的养分来源。随着时间的推移，这些残留物还会沉淀并堵塞出雾口，影响香薰机的正常使用效果。因此，建议每周至少清洗一次香薰机，以确保其良好的使用状态。
清洗香薰机的方法之一是使用白醋。具体步骤如下：首先，确保电源已断开，将适量的水加入香薰机，水量不要超过最高水位线。然后，在水中加入少量白醋，白醋能够有效分解残留的精油氧化物。接着，接通电源，让香薰机运行十分钟，利用超声波的震动效果帮助分解污垢。随后，关闭香薰机，拔掉电源插头，倒掉内部的醋溶液。使用干净的毛巾或棉片，蘸取白醋，擦拭香薰机内外表面。最后，用干毛巾或纸巾擦干香薰机，即可恢复其使用状态。
另一种简便的清洁方法是使用手工皂。首先，用手工皂简单清洁香薰机的玻璃瓶，重复操作2-3次，确保去除油渍。然后，准备一个锅，加入适量自来水和用过的玻璃瓶，再滴入一滴茶树精油。将锅中的水煮沸，利用茶树精油的消毒杀菌作用进一步清洗油渍。大约煮沸3-5分钟后，将玻璃瓶取出晾干。手工皂因其由植物油制成，不含人工化学成分，更加环保。晾干玻璃瓶的小技巧是趁水蒸气未散时迅速取出，因为水蒸气的挥发会使瓶子内部快速干燥。
