家庭微波炉只是用于食品加热使用，用多长时间能起到杀菌作用，还要具体摸索。经试验某些耐热性的细菌通常需要在沸水中15分钟才能杀灭，而用微波脉冲波加热从17℃升到86°C及从22℃升到92℃，经90秒钟即可杀死。微波除了对极性分子有热作用，还有非热作用。如果专门用于其它杀菌（如对安瓿药瓶灭菌需要使用微波波导加热的流水线，也需要试验摸索，确定工艺流程的）利用微波杀菌有其优越的效果。特别是对食品进行灭菌时，为了不损及口味或降低营养质量，最好在较高的温度以秒为单位或在尽可能低的温度，以分为单位的短时间内进行。而利用微波透热作用完全可以达到这一目的。有些研究报道了用微波脉冲波，即在短时间内用强电场来加热被处理的食品，这时极强的电场使食品中的极性分子及离子激烈运动，有效地提高了灭菌效果，而对整个食品来说，在单位时间内接受的能量并不多，因此，温度上升的幅度较小。这种结果，有的人认为不是完全由单纯的加热起作用，而是微玻场促使菌体内的蛋白质及生理活性物质起了变化。
