为确保微波炉的清洁与保养，应遵循以下原则。首先，避免超时加热。若不慎忘记取出已加热超过两小时的食物，应将其丢弃，以防食物中毒。加热时间应根据食物种类、重量、新鲜程度与含水量调整。以较短时间开始加热，视食物状态再追加时间，避免过度加热导致食物变硬、失去口感。
其次，切勿使用普通塑料容器。热食可能导致容器变形，且普通塑料可能释放有害物质，污染食物，对健康造成威胁。应选择专门设计的微波炉安全容器。
避免使用金属器皿，因为它们会与微波产生电火花并反射微波，损伤炉体且无法有效加热食物。确保加热容器开口宽广，以避免因压力过高引发爆破事故。
勿使用瓶颈狭窄的瓶装食物，即使已打开盖子，也可能因压力而膨胀并导致爆炸。对于瓶装婴儿食物，应避免全瓶放入微波炉加热，以防破裂。竹器、漆器等不耐热容器、有凹凸状的玻璃制品以及瓷制碗碟（尤其镶有金、银花边的）均不适合在微波炉中使用。
正确加热肉类时，应确保从冷冻状态解冻后再加热至完全熟食，避免半熟食物中的细菌存活。冰冻肉类在加热前应先解冻，确保彻底加热至安全食用状态。
