木门寺的历史源远流长，起源于南梁时期，历经战火洗礼，曾在隋代遭受破坏，后在唐代唐太宗贞观年间得以修复。这里自古以来便是兵家必争的战略要地，其历史痕迹在《三国演义》中有所体现，如魏延在此地设伏，张郃及部将的命运在此转折，"射郃坪"和"火箭沟"这些地名至今保留着三国时期的记忆。
公元680年，唐代的悲剧人物李贤被贬为庶人，流放到巴州。途经旺苍县木门镇时，他在木门寺逗留，并与住持方丈一同在寺侧的石面上翻晒经书。这段历史在1933年被赋予了新的意义，当时红四方面军在撤离过程中，木门寺成为了他们与敌军激战的重要战场，甚至在此召开了第一次重要军事会议。
1996年，木门军事会议陈列馆被列为四川省省级文物保护单位，成为了弘扬爱国主义精神的重要场所。2006年，木门军事会议会址被提升为国家重点文物保护单位，进一步彰显了其在历史上的重要地位。在这里，每一处石碑、每一处遗迹都承载着丰富的历史故事，见证了历史的沧桑与变迁。
