根是植物地下部分的营养器官，根的主要作用是吸收土壤中的养分和水分，固定植株。菊花种子繁殖的实生苗具有主根，为主根系；用扦插繁殖的菊花无主根，为须根系。菊花的茎扦插以后很容易发生不定根，而且根系前端受损以后也很容易发生不定根，所以往往用营养器官进行繁殖。菊花的根水平分布广、入土较浅，为浅根系。所以附着力较差，易倒伏，特别在雨后、风大时，要采取保护措施。
通常花期前后，花茎不再伸长，从植株基部萌发根状地下茎，横向发展，蔓生于土中，从茎节上抽出不定根，顶端出土后生出的嫩芽，称为脚芽。离母株较近、接近土表的脚芽较先出土，长势较弱；离母株较远、入土较深的脚芽出土晚，生长粗壮，是扦插的好材料。菊花脚芽的长势强弱、萌发数量，因栽培条件和品种的不同而有差异。
