盆栽柠檬树如管理不当，往往只开花不结果或少结果，甚至不开花。要让盆栽柠檬树年年开花、结果，必须在水、肥、修剪等环节进行科学的管理，才能达到果实累累的目的。
1、花前扣水：为防止夏梢生长过旺，同时树体要积累养分、促进花蕾的形成，在处暑(8月23日前后)前对盆栽柠檬进行“扣水。具体做法是，在处暑前十余天对盆栽柠檬的供水逐渐减少;前5天停止供水，盆土经日晒，水分大量蒸发，盆土干燥;根系因水分缺乏，产生枝叶失水，叶片干瘪、卷曲。为防止叶片脱水，可早、晚向叶面喷水，同时也可向盆土喷少量水，使柠檬处于既干旱又不致于枯死的条件下，其腋芽反而日益膨大，芽色由绿转白，当大部分腋芽由绿转白时，“扣水促花就成功了。此时要及时恢复给盆栽柠檬供水。
2、保花保果：柠檬开花后，除每周施一次薄肥外，还须进行疏花、疏果。在花未开时先疏去一部分花蕾;花谢、坐果后，再疏去一些位置不当的幼果，目的是减少消耗养分，让有限的养分集中供给保留下来的花、果，使果实长得更大更好。在果实成长期间，如果肥水充分，植株营养状况好，部分枝条会萌发新梢，新梢的成长必然会分流部分营养，影响果实的长大。为保住果实，对长出的新梢要及时抹除。果实黄熟时，停止施肥，并减少浇水，让土壤保持湿润略微偏干。倘若继续给予过多的肥水，则果实会提前老熟和早落，缩短观赏时间。
3、合理施肥：柠檬喜肥，平时应多施薄肥。植株在萌芽前施一次腐熟液肥，以后每7～10天施一次以氮肥为主的液肥，促使多长枝叶、多发春梢。每次摘心后，要及时施肥，促使枝条提早老熟。柠檬生长期间，可在盆面撒一些饼肥，使每次浇水都有一些肥料渗入土中，增强肥力。入秋后，施肥减少，避免植株营养过剩、促发秋梢，与果实争夺养分而造成落果。
