从结构上来看，它们的不同之处在于，重型货架有横梁与立柱形成每组货位，因此这种货架也成为横梁式货架，而贯通式货架则不存在这样的设计，贯通货架纵向贯通，是一种不以通道分隔，连续性的整体货架。可以放置比重型货架更多的托盘货物。一般来说贯通式货架可以由叉车连续放置10个托盘的货物。而重型货架，每组的存放2-3个托盘。这样看来，贯通式货架更有利于密集存储的需要。重型货架有专门的叉车通道，拣选率100%，先进先出，而贯通式货架是整栋式货架，没有专门的叉车通道，叉车需要驶进货架内部进行存取货架，一般都是先进后出。
从重型货架与贯通货架的使用领域上来看。重型货架可存储非常丰富的货物种类，可解决大部分的物料存取问题被广泛的用于电子、家电、通讯、电力、家具汽车等制造业以及贸易的产品存储需要。而贯通式货架一般适用于品种少、数量多、而货物存储模式可预订的货物。对于大批量的相同类型的货物有着更好的存储的优势。常被用在冷库、食品、烟草等存储空间成本较高的仓库中。
