南京地铁二号线所有站点都有厕所。站厅有厕所：油坊桥、奥体东、孝陵卫、马群、仙鹤门、学则路、仙林中心、羊山公园、南大仙林校区、经天路;站台有厕所：雨润大街、元通、兴隆大街、集庆门大街、云锦路、莫愁路、汉中门、上海路、新街口、大行宫、西安门、明故宫、苜蓿园、下马坊、钟灵街、金马路。南京地铁共计有11个站点没有厕所，这11个站点中的10个分布在地铁一号线，这主要是由于早期的设计考虑不周造成的。
南京市市民卡有限公司在地铁站内布放了自助充值设备，现已覆盖南京所有在运营地铁线路的全部站点，自助办理查询、购卡、充值等业务。如乘客在操作中有任何疑问，请至车站客服中心，寻求工作人员的帮助；或拨打设备服务电话4009306868。
