旧马桶通常不回收。由于它们主要由陶瓷制成，这种材料无法二次利用，因此缺乏回收价值。在二手市场，由于卫生和实用性的问题，旧马桶也很少有人愿意收购或再次使用。国内目前尚未建立旧马桶回收系统，导致旧马桶通常作为垃圾处理。
废旧马桶属于建筑垃圾的一部分。根据“谁产生、谁负责的原则，责任人需对废旧马桶进行妥善处理。不能回收的废旧马桶，像居民室内装修产生的建筑垃圾一样，不能随意丢弃。应按照物业管理或社区居委会的指示堆放，并等待专业清运公司集中处理至消纳场。
旧马桶的处理通常需要付费，费用标准由业主与清运公司协商确定。在更换新马桶时，可以请安装师傅将旧马桶带走处理，通常他们会将旧马桶作为新马桶包装箱的一部分进行清理。如果师傅不带走，旧马桶则作为垃圾处理。由于马桶回收率极低，处理时最好先敲碎后丢入垃圾桶。
一些人选择将旧马桶用于创意用途，如种植花草。在使用前，应彻底进行杀菌消毒，以消除潜在的病菌。还有人用旧马桶种植蔬菜，但考虑到蔬菜用于食用，旧马桶的消毒杀菌工作尤为重要。
