一、原料不同：防水涂料一种以聚丙烯酸酯乳液、乙烯-醋酸乙烯酯共聚乳液等聚合物乳液与各种添加剂组成的有机液料。防水砂浆一种特种水泥，主要成分是由水泥、骨料和可以分散在水中的有机聚合物搅拌而成的。
二、特点不同：防水涂料聚合物水泥防水涂料是和水泥、石英砂、轻重质碳酸钙等无机填料及各种添加剂所组成的无机粉料通过合理配比、复合制成的一种双组份、水性建筑防水涂料。在建筑工程中，JS-复合防水涂料和水泥聚合物防水涂料是同一种材料。防水砂浆：防水抗渗效果好;粘结强度高，能与结构形成一体;抗腐蚀能力强;耐高湿、耐老化、抗冻性好。
三、应用不同：防水涂料聚合物水泥防水涂料适用于非暴露露台、厕浴间及外墙的防水、防渗和防潮的工程(II型)，也适用于暴露的屋面(I型)。地下工程以及隧道、洞库等涂膜防水(I型)。防水砂浆外墙面、屋面、厕浴间、水池等建筑物各部位的防水，防渗漏工程;地下室、隧道、堤坝、地铁等各种地下工程的防水、防渗漏工程;特别适用于加气混凝土，空心砖等多孔材料的墙体防渗漏抹面或涂刷。
