太湖石千层石的主要区别是，性质不同、特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、太湖石
太湖石，又名窟窿石、假山石，是由石灰岩遭到长时间侵蚀后慢慢形成的，分有水石和干石两种。水石是在河湖中经水波荡涤，历久侵蚀而缓慢形成的。干石则是地质时期的石灰石在酸性红壤的历久侵蚀下而形成。
2、千层石
千层石是沉积岩的一种，其纹理成层状结构，在层与层之间夹一层浅灰岩石，石纹成横向，外形似久经风雨侵蚀的岩层。
二、特点不同
1、太湖石
通灵剔透的太湖石，最能体现“皱、漏、瘦、透之美，其色泽以白石为多，少有青黑石、黄石，尤其黄色的更为稀少。
2、千层石
因其沉积年代及硅化程度的不同，形成的层理结构迥然有异，沉积年代久远的千层石近于玉质。千层石外形平整，石型扁阔，纹理独特。
三、应用不同
1、太湖石
特别适宜布置公园，草坪，校园，庭院旅游景色等。
2、千层石
千层石可用于点缀园林、庭院，或作厅堂供石，也可制作盆景，具有较高的观赏价值。
